El parque protege una variedad de ecosistemas que abarcan 42.570 ha terrestres y 5.375 ha marinas. Los ecosistemas terrestres incluyen bosques, playas, arrecifes de coral, manglares y pantanos de agua dulce. Se han detectado tres zonas de vida en el parque que son: bosque muy húmedo tropical, bosque muy húmedo tropical transición a premontano y bosque muy húmedo premontano transición a basal.

La zona se caracteriza por su riqueza y biodiversidad. Se han registrado varias especies de flora y fauna entre ellas varias especies de aves (endémicas y migratorias), mamíferos terrestres y marinos (sobresalen varias especies de cetáceos que constituyen uno de los atractivos turísticos naturales más sobresaliente del Pacifico Sur de Costa Rica), reptiles, anfibios, insectos, peces, moluscos y crustáceos.